2021年 劉 逸侃 助教　2021年度日本数学会応用数学研究奨励賞を受賞

2021年 西浦廉政氏（客員研究員・名誉教授）が日本応用数理学会第10回業績賞を受賞

2016年 運営委員の居城 邦治 教授が高分子学会三菱化学賞を受賞

2016年 運営委員の石橋 晃 教授が平成28年度北海道地方発明表彰受賞

2015年 永幡裕さん　第９回分子科学討論会(東京)2015で分子科学会優秀ポスター賞を受賞

2015年 永幡裕さんが第31回化学反応討論会でベストポスター賞を受賞

2014年 大木開基さんが新学術研究領域「動く細胞と場のクロストークによる秩序の生成」第四回若手の会(熊本)に於いて最優秀ポスター賞を受賞

2014年 秋山 正和助教 日本数学会応用数学研究奨励賞を受賞

2014年 Ellott Ginder助教 日本数学会応用数学研究奨励賞を受賞

2014年 永幡裕さんが第15回電子研国際シンポジウムでポスター賞を受賞

中垣俊之教授らの自然知能の研究に対してポピュラーサイエンス賞ともいうべき賞の受賞。2008年「粘菌という単細胞生物が迷路等のパズルを解くことを発見したことに対して」イグノーベル認知科学賞、2010年「粘菌が鉄道網を設計する能力を持つことを示したことに対して」イグノーベル交通計画賞、2011年「かしこい単細胞粘菌の研究に対して」NHK番組爆笑問題の日本の教養主催の爆ノーベル賞。

最先端の生物学が数学・数理科学などの周辺領域との協働研究を推進・推奨する日米欧など34の運営支援国から構成されるヒューマン・フロンティア・サイエンス・プログラム推進機構（本部：仏・ストラスブール）から4人のグラント賞受賞者を輩出（過去25年間，HFSP受賞者の中で13人がノーベル賞を受賞．ノーベル医学・生理学賞受賞者の約15%が当該賞受賞）．この数は理化学研究所14件，東京大学9件に次いで全国で3番目（スタッフ数に対する受賞者数の割合では全国トップ）

2013年 李振風准教授, From stochastic cell behavior to reproducible shapes: the coordination behind morphogenesis （フランス・リヨン高等師範学校Joliot-Curie研究所, 米国・コーネル大学植物生物学科, ドイツ・マックスプランク研究所との共同研究）

2010年 小松崎民樹教授, Dynamical coordination in a multi-domain, peptide antibiotic mega-synthetase（ドイツ・Munster大学生化学科, 米国・プリンストン大学化学科との共同研究）

2010年　津田一郎教授，Deliberative decision-making in rats（米国・ミネソタ大学神経科学科，英国・Stirling 大学心理学科,ニュージーランド・Victoria University of Wellington心理学科,英国・エジンバラ大学認知神経システムセンター）

2007年　中垣俊之教授，Optimization in natural systems: ants, bees and slime moulds（スエーデン・ウプサラ大学数学科，オーストラリア・シドニー大学生物科学科，ドイツ・ライプチッヒ大学計算機科学科)